Writing for Computer Science (Springer)

Writing for Computer Science - J. Zobel Springer 1997) WW

Writing for computer science students

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Descargar Geo Dataset desde R

Cada Geo Dataset tiene un codigo o identificador unico por ejemplo en esta web puedes navegar el tipo de datos que deseas o de enfermeda,estudio deseas descargar http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds en nuestro caso buscamos Breast cancer relapse free survival y seleccionamos el item con codigo : GSE2034 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE2034 que es el caso de estudio de metástasis de cancer mamario.

Bueno en R tienes que hacer los sgtes pasos:

1. Instalamos la libreria "GEOquery"
biocLite("GEOquery")

pero nos aseguramos que este ya instalado el source de bioconductor

2.referenciamos la libreria
library("GEOquery")

3. Descargamos nuestra data
getGEOSuppFiles('GSE2034')

4. si deseas descomprimirlo desde R :
untar("GSE2034_RAW.tar", exdir="data")

Instalar bioconductor en R

Para instalar bioconductor debes seguir los sgtes pasos.

1. Ejecuta a R como administrador si es en linux (sudo R).
2. Añadimos el script de bioconductor


> source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")


3. Llamamos a la sgte funcion del script instalado

> biocLite()

4. Esperamos a que compile :D

5. Verficamos las nuevas librerias instaladas con

> library()

Instalar paquetes en R

Si estas en linux o windows inicia como administrador a R . Por ejemplo en un linux:

> sudo R

una vez abierto R con permisos de superusuario

> install.packages("nombrepaquete",dependencies=true)

dependencies: es true para q instale automatico otros paquetes del cual depende

por ejemplo queremos instalar lo sgte :

> install.packages("graphics",dependencies=TRUE)

y si queremos instalar una lista de paquetes

install.packages(c("MASS","nnet","survival","splines"),dependencies=TRUE)